Juan Martín de Porres Velázquez nació el 9 de diciembre de 1579 en Lima, hijo ilegítimo de un noble español, Juan de Porres, y de una esclava negra liberada procedente de Panamá llamada Ana Velázquez. Su padre acabó reconociéndolo y costeó su educación básica, pero Martín creció en la jerarquía racial de la Lima colonial como persona de ascendencia mixta africana y europea, ocupando la categoría legal y social de mulato libre (persona libre de raza mixta) en una sociedad que asignaba a cada gradación de mezcla racial un estatuto jurídico específico. Entró en el priorato dominico del Santo Rosario de Lima como donado (un asistente laico, ya que las leyes vigentes prohibían a los de ascendencia africana o indígena hacer votos plenos como frailes) y permaneció en esa condición hasta que el prior solicitó y obtuvo licencia para que hiciera la profesión plena.

Trabajó durante décadas en la enfermería del priorato, atendiendo a los enfermos con una combinación de conocimientos médicos que había adquirido como aprendiz de un barbero-cirujano y de dones espirituales que sus contemporáneos describían como sanaciones milagrosas, bilocación, levitación y la capacidad de comunicarse con los animales. Organizó una red de orfanatos y hospitales en Lima, financiada con las limosnas que él mismo solicitaba a los limeños acomodados, a quienes les resultaba difícil negarse, y cuidó sin distinción a los pobres enfermos de todas las razas en una sociedad que organizaba su caridad por categorías raciales.